1　“為基督耶穌被囚的”。更可作：為基督耶穌作囚犯的；即為祂的緣故，為了事奉祂。

2　“亞腓亞”可能是腓利門的妻子，“亞基布”大概是他的兒子。關於家庭教會，參看哥林多前書十六章19節、歌羅西書四章15節和羅馬書十六章5節的腳註。

6　“同有的”即分享的。

7　“心”。原文作：心腸，是最深處的感情。

8～10　“合宜的事”。也可作：必需的事。保羅可以利用他的使徒權柄來“吩咐”腓利門。可是，保羅卻憑自己的愛心、年紀和被囚的狀況來勸他，他只是懇求腓利門（10節）。“阿尼西母”這名字的意思是“有用的，有益處的”。

11　阿尼西母偷走的行為與他的名字不相配。因為他已經得救了，所以能把名字的意義實踐出來。

12　“我心上的人”即我自己的心（在第20節也一樣）。

13　“替你”。保羅若把阿尼西母留在羅馬，他便可以代替腓利門伺候保羅。這裏使用的希臘文介詞（h u p e r）清楚地解作“代替”，如在談及基督之死的經文一樣（林後五21；彼前三18）。

14 “你的善行”。即腓利門決定把阿尼西母送回保羅那裏伺候他的善行。

15　“或者”。提出一個看法，就是阿尼西母的潛逃也許有神更深層的目的。

16　“親愛的兄弟”。對阿尼西母來說不是法律上的解放，而是實際上的解放，因為腓利門改變了他對這個奴隸的態度，因為這奴隸那時候也是在基督裏的弟兄了。

18　“歸在我的賬上”。這希臘短語在羅馬書五章13節譯作“算〔為〕”。似乎阿尼西母對腓利門的傷害，除了因奴隸逃走而造成的損失之外，還有金錢上的損失。保羅要求腓利門把阿尼西母所欠的債歸在保羅的賬上，並且“收納他，如同收納我一樣”（17節），這就美妙地闡明我們的罪如何歸在基督身上。在救恩中，神收納我們是看在祂兒子的分上（林後五21）。

19　“親筆寫的”。保羅要為他在第18節所作的承諾簽署。“連你自己也是虧欠於我”。腓利門顯然是在保羅傳道的時候悔改歸主的。

22　“必蒙恩到你們那裏去”。保羅預期自己不久便可以獲釋（參看腓一25,26）。

24　在保羅第二次囚禁的時候，底馬離開了他（提後四10）。