第一段：問安(1-3)
保羅自稱是“為基督耶穌被囚的保羅”，在保羅所寫的13 封教會書信中，只有此信如此稱呼自己。保羅在一封信的開頭的時候，習慣是自稱是“基督耶穌的使徒或者僕人”，因為他在其他信都是講論教會聖工方面的真理，或者辯論教義上的基本信仰問題，所以必須站在基督耶穌的使徒或僕人的身分上發言。腓利門書沒有提及他使徒的職分，主要是因為他寫信的目的，是憑著愛心求他赦免阿尼西母的罪。
另一方面，保羅知道腓利門是一個愛主的人，他的自稱可以打動腓利門的心，用自己捆鎖的苦來激發腓利門的同情，使腓利門更容易接納他的請求，收納阿尼西母 。
1-3 提到四種收信人：腓利門、亞腓亞、亞基布和教會；另外，第一節還出現了提摩太。保羅寫給各個教會的信件中，經常將提摩太的名字與自己並列，這是因為腓利門和提摩太很熟，保羅在以弗所傳道三年的時候，提摩太和他同工，並且曾經被派去探望馬其頓的教會，腓利門有可能從提摩太那裏得到很多屬靈的幫助，他們彼此之間也有相當深厚的友誼，所以保羅提到這封信是和提摩太一同聯名的，是為了激發腓利門接納阿尼西母。
保羅用“親愛的同工腓利門”來稱呼腓利門，因為在他的眼中一同事奉主的人都是同工，事實上，腓利門信主後確有美好的見證，並且有一顆火熱的心去愛主愛人。第2節所說的“妹子亞腓亞”可能是腓利門的妻子。保羅提到亞腓亞是因為腓利門書是為了家庭奴僕的事情而寫的，這與亞腓亞也有關係。另一方面，是因為亞腓亞有豐盛的生命，按照希臘文，亞腓亞就是“豐盛”、“多結果子”的意思。
亞基布是腓利門的兒子，即保羅在問安的時候，提到腓利門的一家三口。保羅稱亞基布是“與我們同當兵的”，意思是作基督的精兵，一同作傳道的工作。保羅在歌羅西書4:17 曾經吩咐亞基布“務要謹慎，儘你從主所受的職分”，可見亞基布是一個專職的傳道人，是歌羅西教會的傳道之一，當歌羅西教會正受到異端攪擾的時候，保羅特別提醒亞基布要謹慎傳道。
2 下半節所寫的“你家的教會”是指著歌羅西的教會說的，強調信徒在一起聚會就是教會，所以保羅是稱呼在腓利門家裏聚會的弟兄姐妹們，因為在早期的時候，信徒都是在家裏聚會。
第3 節是保羅問安的內容。希臘人見面的時候，習慣用“恩惠”這個詞作為祝福的話，就像講希伯來話的人習慣用“平安”一詞一樣。
第二個段落：保羅對腓利門的稱讚(4-7)
1. 保羅感謝的話(4)
2. 保羅稱讚的話(5)
3. 保羅願望的話(6)
4. 保羅勉勵的話(7)
保羅稱讚腓利門，並不是要討他的喜悅，而是實實在在的先在神的面前，發出感謝的話。神所重用的人，一定具備一個特質，就是恆心禱告。我們可從保羅各卷書信中看到，保羅如何日以繼夜的為各教會、同工和信徒們祈禱。因為保羅了解禱告的力量，他的生活就是一個禱告的生活。當保羅在羅馬監獄的時候，鎖在一位看守他的獄卒身旁，他仍然藉著禱告，繼續為主作見證，透過禱告，保羅照常服事他所成立的眾教會。
保羅怎樣知道腓利門的美德而稱讚他呢？有可能是以巴弗告訴他的(參門23;西4:12)阿尼西母也把腓利門的美德告訴保羅。保羅的稱讚分為兩個層面，第一個是“向主耶穌的愛心和信心”；第二個是“向眾聖徒有愛心和信心”。
在保羅其他的信中，他一般是先提信心，然後才提愛心，在腓利門書裏，他卻先提愛心，然後才提信心。這是因為腓利門藉著愛的行動，表現出他的信心，他是一個信愛兼顧的信徒，因著被主耶穌的愛所激勵，多多地為祂作工。
第6 節提到對腓利門的兩種願望。第一種是：“願你與人所同有的信心顯出功效”。“同有的信心”是指一種行出來的信心，這種信心是表現在腓利門在教會裡的各種服事，以及他對會眾和有需要的人的供應上。保羅稱讚腓利門對教會無私的分享，是信心的實踐。“同有的”在希臘文裏面，和“團契”或者“分享”是同一個字，特別指將自己有的提供給團體使用，這是一種無私而且普遍的分享。從腓利門擁有奴僕看來，他可能相當有錢。他甘心樂意分享，顯示他真實的信心。
保羅對腓利門的第二種願望是“使人知道各樣善事都是為基督做的”。保羅盼望腓利門所作的各樣善事，不是為了自己得到稱讚，而是以榮耀基督為目標，要腓利門的家人為基督行善，同心合意地榮耀主。
第7 節是保羅對腓利門的勉勵，保羅因著腓利門有見證的生活，顯示出神在他生命裡的建造而滿心喜樂。保羅勉勵腓利門的內容很簡單，就是為腓利門的愛心而“大有快樂，大得安慰”。經文中所用的“暢快”這個詞，有“安息”的意思，是指眾信徒因著腓利門的幫助而得到安息，恢復精神。這樣看來，可見腓利門用愛心幫助人的結果分為三個層面，第一是使保羅的心大有快樂；第二是使眾聖徒的心得了暢快；第三是他因著幫助別人，自己的心也滿有喜樂。
第三個段落：保羅向腓利門的請求（8-21）
1. 請求的解釋(8-9)
2. 請求的理由(10-14)
3. 請求的目的(15-17)
4. 請求的迫切(18-19)
5. 請求的結果(20-21)
保羅並不是憑著資格來請求，也不是憑著年紀請求，更不是憑著自己的勞苦請求，而是憑著愛心請求。保羅知道，他如果憑著使徒的身份和使徒的權柄叫腓利門順服，重新接納阿尼西母的話，腓利門一定會聽從的，因為他是一個尊重使徒的人，但是保羅不用這些身分，而是謙卑地靠著基督發出請求。
在第9 節，保羅形容自己是“像我這有年紀的保羅，現在又是為基督耶穌被囚的。”我們相信他寫這封書信的時候，大約是在六十歲左右。因為他為基督經歷忍受了各種患難，他的身體是非常衰弱的，這可從他常提到他肉身的病痛，感受的出來。所以他稱自己是上了年紀的人。另外，保羅又指出自己是“為基督耶穌被囚的”，這正是保羅的勞苦。保羅並沒有藉著這種勞苦請求腓利門，而是藉著勞苦激勵腓利門，使他知道信徒之間無論多麼勞苦，仍然要彼此相愛，所以如果腓利門肯收納阿尼西母，就是彼此相愛的表現了，同時也符合了保羅的目的。
第10 節說了請求的理由，是因為阿尼西母是保羅在捆鎖中所生的兒子。保羅細心地在提阿尼西母之前，加上“我在捆鎖中所生的兒子”幾個字，來說明這個人是經過改變的，他的生命已經重生了，他和保羅、和腓利門之間因著基督而有屬靈的關係。我們知道，所有的生命一旦經歷了基督的大能，一定會起變化的。
保羅接著說到阿尼西母的生命有了改變，第11 說：“他從前與你沒有益處，但如今與你我都有益處。”保羅將阿尼西母的從前和如今作出了比較，使腓利門知道阿尼西母奇妙的改變。阿尼西母的名字本來是“有益處”的意思，可惜他從前名不符實，不但無益，反而有損，但是他接受救恩後，生命起了變化，對保羅、對腓利門都有益處。接下來，保羅動之以情，指出阿尼西母是他所疼愛的人，第12 節顯出了保羅對阿尼西母的愛心，因為按照羅馬帝國的嚴厲制度，主人是可以隨意對待奴僕的，阿尼西母偷了主人的財物逃走，如果要打發他回到主人那裏，可以說是自取滅亡，所以保羅強調，阿尼西母是他心上的人，是彼此為肢體的。
腓利門在神面前領受的負擔是接待、伺候聖徒，保羅既然為主的名被捆鎖，腓利門當然願意為主的緣故伺候主的僕人，現在腓利門不在身邊，他的奴僕阿尼西母卻殷勤地服侍他，好像代替腓利門一樣。保羅本來可以留著阿尼西母在他的身邊，代表腓利門為福音工作效勞。但是保羅特別寫這封信，來徵求腓利門的認可，這是一個完全出於甘心樂意的認可，而不僅僅是出於工作上的需要。所以保羅問腓利門，是否樂意地接納阿尼西母為弟兄，並且將他奉獻給 神，幫助各種福音工作，盼望我們每一個人無論服事主，還是幫助人，都是出於甘心。
保羅請求腓利門接納阿尼西母，一共有四個理由：
1. 以屬靈的關係為理由：阿尼西母是他在捆鎖中所生的兒子(10)
2. 以奇妙的改變為理由：保羅把阿尼西母信主前後作出比較(11)
3. 以深摯的情感為理由：保羅指出阿尼西是他疼愛的人(12)
4. 以正義的督促為理由：保羅表示自己本來想留下阿尼西母一起同工，後來想到腓利門是他的主人，所以決定打發他回去腓利門身邊(13-14)
第15-17 節是請求的目的。保羅請求的目的有兩方面，第一是叫腓利門接納阿尼西母；第二是叫他公平地對待阿尼西母。當阿尼西母偷錢逃跑時，腓利門可能會問神，為什麼允許阿尼西母佔了便宜，還安然逃走？為什麼神容許這事發生在自己身上？但是保羅說，這是神救恩計劃的一部分，阿尼西母是到了羅馬，才認識耶穌基督。腓利門雖然曾經暫時失去了他，現在卻得著一位主內的弟兄。
18-19 節是保羅請求的迫切。保羅在這裏為阿尼西母擔保，他指出，如果腓利門照著保羅的要求，釋放阿尼西母，接納他為弟兄，甚至將他視同保羅一般，成為同工；保羅保証賠償一切損失，並為阿尼西母負一切的責任。也就是做他的中保。保羅寫信給腓利門的時候，他說：“他若虧負你，或欠你甚麼，都歸在我的賬上，我必償還。這是我保羅親筆寫的。”保羅在這裏說明腓利門書是他親筆寫的信，證明他請求收納阿尼西母是何等的迫切，也表示自己會負責還債，這就像一張借據一樣，寫明自己的責任。換句話來說，保羅並不是要腓利門看在自己的面上，免去阿尼西母的虧欠。
第20-21 節是保羅請求的結果。在原文裏，保羅的快樂是用一個我們不常用的說法來形容，直接翻譯是“使我的肚腹清爽舒暢”。這是由於保羅當時的文化和觀念而來，當時的人認為人最深的感情，是發自肚腹，而不是來自腦部。當我們深感痛苦的時候，我們的胃和腸會覺得很難受，而頭部沒有這種特別的感覺。當你極為興奮時，這個高興，也是影響你的腹部深處，他們就稱這是“肚腹”。保羅在此用這個方式，來形容他這快樂，是超乎一切，而且是發自最深處的喜樂。保羅請求腓利門收納阿尼西母的結果，使他自己對腓利門產生了信心和盼望。保羅在其他書信中，經常講到信、望、愛的道理，在這封短短的信中，也同樣發揮了這個信息。腓利門書20 節顯示出盼望的信息。保羅對腓利門存有很大的希望，就是希望腓利門不要使他失望。保羅知道腓利門是一個滿有愛心的人，以致保羅為他的愛心大有快樂、大得安慰。第21 節顯示了信心和愛心的信息，保羅滿有把握地相信腓利門一定會收納阿尼西母，而這件事也表現出主內肢體彼此的愛心，可以看見保羅在處理信徒之間糾紛的時候，雖然自己具有最高的靈權柄，卻極力不用那種迫使信徒屈服的方法，而是儘量用愛心激勵信徒，體會主的心，因而自動地、甘心樂意地順服。
在22-25 節的結論中，保羅吩咐腓利門為他預備住處。保羅在他的書信中，經常有這種話語，表明他的心靈與主有不斷的交通，所以說話很有把握，相信必能夠到歌羅西和腓利門、以及其他信徒見面。從保羅吩咐腓利門預備住處的事情來看，我們可以看出三種表現。分別是親切的表現、愛心的表現和智慧的表現。
1. 親切的表現：腓利門和保羅的關係十分密切，因為保羅絕對不會吩咐一個和他沒有太深認識的人為自己預備住處的。
2. 愛心的表現：腓利門一直有接待聖徒，保羅吩咐他為自己預備住處，就是信徒相愛的一種表現。當腓利門收到保羅的信後，一定會歡歡喜喜地為他預備、用愛心來接待他。
3. 智慧的表現：保羅透過“你還要為我預備住處”這句話，表示自己很快便會去歌羅西，所以無論如何，腓利門一定要把阿尼西母的事情辦妥。
23-24 是保羅再一次的問安，不過這次是和其他的同工聯名來問安。保羅和腓利門之間彼此在主裏充滿了愛的生活，經文出現了六個人的名字。
1. “與我同坐監的以巴弗”：以巴弗在聖經中的記載不多，從歌羅西書的記載裏，他是歌羅西人，信主後作教會的執事(西1:7;4:12)。以巴弗是一個熱心事奉主的信徒，他雖然離開了歌羅西教會，但是仍然託保羅問他們安，並且在禱告之間為他們竭力祈求，求神使他們信心堅固、站立得穩。以巴弗和保羅一起坐監，藉此來服事保羅。
2. 馬可：就是巴拿巴的表弟，保羅和巴拿巴在第一次宣教旅程時，曾經帶馬可同去，後來他在中途離開宣教隊伍，返回耶路撒冷，保羅和巴拿巴曾為是否帶馬可展開第二次旅程而鬧意見，結果不歡而散，巴拿巴選了馬可作為伙伴；保羅則選了西拉。後來，馬可漸漸醒悟，殷勤事奉主，等到巴拿巴離世之後，馬可便專心地跟從保羅，成為和保羅同心的好同工。
3. 亞里達古：亞里達古是馬其頓人，他的本城是帖撒羅尼迦，他信主後就和保羅同行，在以弗所傳福音的時候受到逼迫，後來保羅前往亞西亞時，他也跟著同去；甚至保羅去羅馬的時候，亞里達古也陪伴左右(參徒19:29;20:4; 27:2)。
4. 底馬：他是帖撒羅尼迦人。底馬是一個青年人，當時跟從保羅，與保羅同工，他並且有愛心，肯與保羅一同坐監、服事保羅。但是幾年之後，也就是保羅寫提摩太後書的時候，底馬卻離開了保羅(參提後4:10)。
5. 路加：路加是醫生，是路加福音和使徒行傳的作者。他出生在敘利亞的安提阿一個猶太人家庭，正如保羅生在大數一樣，從小受了希臘的高等教育，傳說他一生沒有結婚，在保羅的旅行佈道中同工，忠心地服事主。在腓利門書最後一句，保羅祝福說：“願我們主耶穌基督的恩常在你的心裡。阿們！”這句祝福的話和加拉太書的祝福相似，根據保羅的祝福，有三點意思是我們值得知道的。
1. 盼望腓利門知道，恩惠是從主耶穌而來的，惟獨主耶穌的恩才是真實的、傳到永遠的。
2. 盼望腓利門知道恩典的範圍。保羅首先提到主耶穌的恩，接著就說“常在你心裏”，這是指出我們整個人都是蒙恩的。
3. 盼望腓利門知道得恩的實在。他在祝福之後說“阿們”，這是很有意思的。在舊約時代，猶太人在會堂裏聽完教導、或者念完聖經之後，都會齊聲說“阿們”。新約時代，聖徒聚在一起禱告之後，也會同聲說“阿門”，“阿門”就是“誠心所願”的意思；林後1:20 翻譯成實在，所以保羅盼望腓利門得恩是實實在在的，願主叫我們向弟兄所說的祝福話，或者向弟兄所施行的善事，都是從心裏發出的，是實實在在的。