3．
警告与劝勉（10－21节）。
对于尼哥底母的顽固不化，主最后以一大段严重的话来警告他和劝勉他：
（1）重生是今日地上千真万确的事实，不仅在门徒身上可看到实际的见证，还自从天而降之人子亲口的见证，以及旧约圣经的预言启示。
凡是不信重生的人，时于神国其他的事，更是不会相信了。
（2）重生是神大爱的果子。
因惟有在神牺牲了祂的独生子后，才有可能赐予人的。
（3）重生最大的拦阻就是人的罪和不信，这等人不但必定灭亡，并且听见真道而不信的人，罪已经定了。
但是主最后仍劝勉和鼓励尼哥底母说：“行真理的必来就光，要显明他所行的是靠神而行。”
（21节）主仍看重尼哥底母有追求真道的心，然而主却不勉强尼哥底母相信，主只是希望以后他能带着客观的态度，仰望神的帮助，继续在神的真理上追求。
主相信，他若能如此行，必能得着神真理的光。
五、谈道的结果
约翰福音没有记载尼哥底母对这次谈道的最后反应如何。
他可能没有什么表示，似乎是默然地，也可能是忧愁地退去了。
然而我们相信在他退去的时候，他的内心必是思潮起伏。
主的话与他的旧观念反复冲突，光与暗在他心灵深处起了生与死的搏斗。
这是虔诚的宗教徒、道德家、知识分子重生所必须经过的“生产之苦”。
幸而因他有一颗真诚爱慕真理的心，而主所说的话就是真理，以致这真理已经深深进入了他的心，虽然困难与阻碍重重，却能深深地扎根；他成长虽然很慢，却是一直在成长，且是越长越壮越美。
其后，尼哥底母不但敢在公会众同人面前为主仗义执言（约7：50），并且在主被钉死，众门徒都惧怕逃去时，他竟挺身而出，不怕牺牲世界的名利富贵，甘心乐意地向世界见证：他是拿撒勒人耶稣的门徒（约19：39－40）。
